Numba 0.35.0 へのアップデート (Sierra)

単に

$ pip3 install numba -U

だけでインストールできるようになっていた．

Collecting numba
  Downloading numba-0.35.0-cp36-cp36m-macosx_10_7_x86_64.whl (1.4MB)
    100% |████████████████████████████████| 1.4MB 264kB/s 
Requirement already up-to-date: numpy in /usr/local/lib/python3.6/site-packages (from numba)
Collecting llvmlite (from numba)
  Downloading llvmlite-0.20.0-cp36-cp36m-macosx_10_7_x86_64.whl (11.0MB)
    100% |████████████████████████████████| 11.0MB 101kB/s 
Installing collected packages: llvmlite, numba
  Found existing installation: llvmlite 0.18.0
    Uninstalling llvmlite-0.18.0:
      Successfully uninstalled llvmlite-0.18.0
  Found existing installation: numba 0.33.0
    Uninstalling numba-0.33.0:
      Successfully uninstalled numba-0.33.0
Successfully installed llvmlite-0.20.0 numba-0.35.0

 

Numba 0.33.0 へのアップデート (Sierra)

MacBook Pro Retina, Mid 2012 の Numba および主要パッケージをアップデートする．

• Mountain Lion → Mavericks → Sierra (現在 10.12.5)．

主要パッケージ

$ pip3 install numpy pandas jupyter -U

LLVM

最新版の 4.0.0 を入れる．

$ brew info llvm
llvm: stable 4.0.0 (bottled), HEAD [keg-only]
...

$ brew upgrade llvm

llvmlite

LLVM_CONFIG_PATH を設定して pip install する．

$ export LLVM_CONFIG=/usr/local/opt/llvm/bin/llvm-config
$ pip3 install llvmlite -U
$ python3 -m llvmlite.tests

Numba

$ pip3 install numba -U

Successfully installed numba-0.33.0 と出た．

TeX Live-2016 のインストール (Sierra)

Sierra にアップグレードしたら /usr/texbin のsymlink が消えたので，そのままでは TeX 関連コマンドへのパスが通らなくなった．ついでなので，(TeX Live-2013 から) TeX Live-2016 にアップデートすることにする．

• TeX on Sierra

MacTeX

• TeX Wiki MacTeX
• MacTeX 2016 のインストール＆日本語環境構築法 (El Capitan 以前/以後両対応)

に書いてあるとおりにインストールする．

TeXShop

環境設定「パス設定」「(pdf) TeX」の /usr/texbin を /Library/TeX/texbin に変える．

Python 3.6 へのアップデート (Sierra)

Homebrew で管理している MacBook Pro Retina, Mid 2012 の Python3 の 3.6 へのアップデート．

• Mountain Lion → Mavericks → Sierra (現在 10.12.3)．

Python 3.6.0

$ brew upgrade python3

$ python3 --version
Python 3.6.0

パッケージのインストール

いっしょにインストールされているのは

pip (9.0.1)
setuptools (32.2.0)
wheel (0.29.0)

だけ．

新規に入れ直す．

Jupyter

~/Library/Jupyter/kernels/python2/kernel.json で

• "/usr/local/opt/python3/bin/python3.5" を "/usr/local/opt/python/bin/python3.6"

に書きかえる．

その他の主要パッケージ

$ pip3 install numpy scipy matplotlib pandas statsmodels sympy sphinx numpydoc sphinx_rtd_theme nose

$ export LLVM_CONFIG=/usr/local/opt/llvm/bin/llvm-config
$ pip3 install llvmlite
$ python -m llvmlite.tests
$ pip3 install numba

$ pip3 install git+https://github.com/QuantEcon/QuantEcon.py

この時点でインストールされているパッケージたち

$ pip3 list
DEPRECATION: The default format will switch to columns in the future. You can use --format=(legacy|columns) (or define a format=(legacy|columns) in your pip.conf under the [list] section) to disable this warning.
alabaster (0.7.9)
appdirs (1.4.0)
appnope (0.1.0)
Babel (2.3.4)
bleach (1.5.0)
cycler (0.10.0)
decorator (4.0.11)
docutils (0.13.1)
entrypoints (0.2.2)
html5lib (0.9999999)
imagesize (0.7.1)
ipykernel (4.5.2)
ipython (5.2.2)
ipython-genutils (0.1.0)
ipywidgets (5.2.2)
Jinja2 (2.9.5)
jsonschema (2.6.0)
jupyter (1.0.0)
jupyter-client (4.4.0)
jupyter-console (5.1.0)
jupyter-core (4.2.1)
llvmlite (0.15.0)
MarkupSafe (0.23)
matplotlib (2.0.0)
mistune (0.7.3)
mpmath (0.19)
nbconvert (5.1.1)
nbformat (4.2.0)
nose (1.3.7)
notebook (4.4.1)
numba (0.30.1)
numpy (1.12.0)
numpydoc (0.6.0)
packaging (16.8)
pandas (0.19.2)
pandocfilters (1.4.1)
patsy (0.4.1)
pexpect (4.2.1)
pickleshare (0.7.4)
pip (9.0.1)
prompt-toolkit (1.0.13)
ptyprocess (0.5.1)
Pygments (2.2.0)
pyparsing (2.1.10)
python-dateutil (2.6.0)
pytz (2016.10)
pyzmq (16.0.2)
qtconsole (4.2.1)
quantecon (0.3.4)
requests (2.13.0)
scipy (0.18.1)
setuptools (34.1.1)
simplegeneric (0.8.1)
six (1.10.0)
snowballstemmer (1.2.1)
Sphinx (1.5.2)
sphinx-rtd-theme (0.1.9)
statsmodels (0.8.0)
sympy (1.0)
terminado (0.6)
testpath (0.3)
tornado (4.4.2)
traitlets (4.3.1)
wcwidth (0.1.7)
wheel (0.29.0)
widgetsnbextension (1.2.6)

macOS Sierra へのアップグレード

MacBook Pro Retina, Mid 2012 の Mavericks を Sierra へアップグレードしたときのメモ

Homebrew

brew update で

Error: /usr/local is not writable. You should change the ownership
and permissions of /usr/local back to your user account:
  sudo chown -R $(whoami) /usr/local

というエラーが出るので，言われるままに

$ sudo chown -R $(whoami) /usr/local

アップデート後

Homebrew no longer needs to have ownership of /usr/local. If you wish you can
return /usr/local to its default ownership with:
  sudo chown root:wheel /usr/local

と言われるので，言われるままに

$ sudo chown root:wheel /usr/local

Python 3 および主要パッケージのアップデート (Mavericks)

MacBook Pro Retina, Mid 2012 の Python3 および主要パッケージをアップデートする．

• Mountain Lion から Mavericks にアップデート (現在 10.9.5)．

Python 3.5.2

$ python3 --version
Python 3.5.1

$ brew reinstall python3 -v

$ python3 --version
Python 3.5.2

主要パッケージのアップデート

$ pip3 install numpy scipy pandas sympy ipython -U
...
Successfully installed decorator-4.0.10 ipython-5.0.0 mpmath-0.19 numpy-1.11.1 pandas-0.18.1 pexpect-4.2.0 pickleshare-0.7.3 prompt-toolkit-1.0.3 pygments-2.1.3 python-dateutil-2.5.3 pytz-2016.6.1 scipy-0.17.1 setuptools-24.3.0 sympy-1.0 traitlets-4.2.2 wcwidth-0.1.7

Jupyter 関連がアップデートされなかったので，再度

$ pip3 jupyter -U
...
Successfully installed entrypoints-0.2.2 ipykernel-4.3.1 ipywidgets-5.2.2 jupyter-client-4.3.0 jupyter-console-5.0.0 jupyter-core-4.1.0 mistune-0.7.3 nbconvert-4.2.0 notebook-4.2.1 pyzmq-15.3.0 qtconsole-4.2.1 tornado-4.4 widgetsnbextension-1.2.6

QuantEcon.py:

$ pip3 install quantecon -U

Successfully installed quantecon-0.3.3．

Numba 0.27.0 へのアップデート

LLVM

最新版の 3.8.1 を入れる．

$ brew info llvm
llvm: stable 3.8.1 (bottled), HEAD [keg-only]
...

$ brew reinstall llvm

llvmlite

LLVM_CONFIG_PATH を設定して pip install する．

$ export LLVM_CONFIG=/usr/local/opt/llvm/bin/llvm-config
$ pip3 install llvmlite -U

すると，RuntimeError: Building llvmlite requires LLVM 3.7.x. というエラーが出た (インストールしようとするのは 0.12.1 で，LLVM のバージョンと合わない) ので，master の 0.13.0 をインストールする．

$ pip3 install git+https://github.com/numba/llvmlite.git -U

Successfully installed llvmlite-0.13.0.dev0+37.ge206087 と出た．

$ python -m llvmlite.tests

OK．

Numba

$ pip3 install numba -U

で Successfully installed numba-0.27.0 と出た．

Homebrew で Python 3.5 をインストールする (Mavericks)

Homebrew で Python 3.5 を MacBook Pro Retina, Mid 2012 にインストールする．

• Mountain Lion から Mavericks にアップデート (現在 10.9.5)．

Python 3.5

$ brew install python3

$ which python3
/usr/local/bin/python3
$ which python3.5
/usr/local/bin/python3.5

Jupyter の設定

pip3 で IPython をインストールする．(Jupyter の方はインストールし直す必要はなかったか？)

$ pip3 install ipython
$ pip3 install jupyter

Jupyter notebook で Python 2 と Python 3 の両方とも使えるように設定する．

$ ipython kernel install --user
$ ipython kernel install --user --name python2

~/Library/Jupyter/kernels/python2/kernel.json で

• "/usr/local/opt/python3/bin/python3.5" を "/usr/local/opt/python/bin/python2.7"
• "Python 3" を "Python 2"

にそれぞれ書きかえる．

その他の主要パッケージのインストール

$ pip3 install numpy scipy matplotlib pandas statsmodels sympy

$ export LLVM_CONFIG=/usr/local/opt/llvm/bin/llvm-config
$ pip3 install llvmlite
$ python -m llvmlite.tests
$ pip3 install numba

$ pip3 install sphinx numpydoc sphinx_rtd_theme nose

$ pip3 install quantecon

この時点でインストールされているパッケージたち

$ pip3 list
alabaster (0.7.6)
appnope (0.1.0)
Babel (2.1.1)
cycler (0.9.0)
decorator (4.0.4)
docutils (0.12)
gnureadline (6.3.3)
ipykernel (4.1.1)
ipython (4.0.0)
ipython-genutils (0.1.0)
ipywidgets (4.1.1)
Jinja2 (2.8)
jsonschema (2.5.1)
jupyter (1.0.0)
jupyter-client (4.1.1)
jupyter-console (4.0.3)
jupyter-core (4.0.6)
llvmlite (0.8.0)
MarkupSafe (0.23)
matplotlib (1.5.0)
mistune (0.7.1)
nbconvert (4.1.0)
nbformat (4.0.1)
nose (1.3.7)
notebook (4.0.6)
numba (0.22.1)
numpy (1.10.1)
numpydoc (0.5)
pandas (0.17.0)
path.py (8.1.2)
patsy (0.4.1)
pexpect (4.0.1)
pickleshare (0.5)
pip (7.1.2)
ptyprocess (0.5)
Pygments (2.0.2)
pyparsing (2.0.6)
python-dateutil (2.4.2)
pytz (2015.7)
pyzmq (15.0.0)
qtconsole (4.1.0)
quantecon (0.2.2)
scipy (0.16.1)
setuptools (18.3.1)
simplegeneric (0.8.1)
six (1.10.0)
snowballstemmer (1.2.0)
Sphinx (1.3.1)
sphinx-rtd-theme (0.1.9)
statsmodels (0.6.1)
sympy (0.7.6.1)
terminado (0.5)
tornado (4.3)
traitlets (4.0.0)
wheel (0.26.0)

仮想環境

$ python3 -m venv py35
$ source py35/bin/activate

Snow Leopard で IPython 4 と Jupyter Notebook を使う

Snow Leopard 10.6.8 で IPython 4.0 と Jupyter Notebook を使う．

まず IPython をアップデートする：

$ pip install ipython -U

Successfully installed appnope-0.1.0 ipython-4.0.0 ipython-genutils-0.1.0 path.py-8.1.1 pexpect-3.3 pickleshare-0.5 simplegeneric-0.8.1 traitlets-4.0.0 と出た．

次に Jupyter をインストールする：

$ pip install jupyter

Successfully installed functools32-3.2.3.post2 ipykernel-4.0.3 ipywidgets-4.0.2 jsonschema-2.5.1 jupyter-1.0.0 jupyter-client-4.0.0 jupyter-console-4.0.2 jupyter-core-4.0.4 mistune-0.7.1 nbconvert-4.0.0 nbformat-4.0.0 notebook-4.0.4 ptyprocess-0.5 qtconsole-4.0.1 terminado-0.5 tornado-4.2.1 と出た．

Jupyter を動かすには tornado 4.0 以降が必要だが，tornado 4.0 は Snow Leopard で動く Safari 5.x では使えない (Backwards-compatibility notes)．要は Safari は使えないということなので，Chrome を使うように設定する．

• まず Chrome の「詳細設定」の「フォントをカスタマイズ」で固定幅フォントを Courier などにしておく．

Jupyter の設定ファイルを作る：

$ jupyter notebook --generate-config

~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py で c.NotebookApp.browser の項目を

c.NotebookApp.browser = u'/Applications/Google\ Chrome.app/Contents/MacOS/Google\ Chrome %s --new-window'

と設定する (先頭の # を消す)．

• Changing browser for IPython Notebook from system default

ターミナルから

$ jupyter notebook

と起動すれば Chrome で notebook が立ち上がる．

Numba 0.20.0 へのアップデート (Mavericks)

MacBook Pro Retina, Mid 2012 の Numba を 0.20.0 にアップデートする．

• Mountain Lion から Mavericks にアップデート (現在 10.9.5)．

LLVM と llvmlite をそれぞれ 3.6, 0.6.0 にアップデートする必要がある．

LLVM

最新版 3.6.1 を入れる．

$ brew info llvm
llvm: stable 3.6.1 (bottled), HEAD
...

$ brew install llvm

llvmlite

LLVM_CONFIG_PATH を設定して pip install する．

$ export LLVM_CONFIG=/usr/local/opt/llvm/bin/llvm-config
$ pip install llvmlite -U

が，initfini.cpp:9:10: fatal error: 'llvm/Config/config.h' file not found とエラーが出る．

• OS X with homebrew llvm — pip install fails

master ブランチでは修正されている：

$ pip install git+https://github.com/numba/llvmlite.git -U

Successfully installed llvmlite-0.6.0+10.g6cf9861 と出た．

$ python -m llvmlite.tests

OK．

Numba

$ pip install numba -U

問題なく Successfully installed numba-0.20.0 と出た．

Snow Leopard に llvmlite と Numba をインストールする

Numba 0.17 以降をインストールするには llvmlite が必要になった．
以下，Snow Leopard (10.6.8) に llvmlite 0.4.0 をインストールしたときの記録 (非常に苦労した)．

• llvmlite をインストールするには LLVM 3.5 が必要．
• いろいろ試したが LLVM 3.5  を直接インストールすることはできず断念．
• そこでまず LLVM 3.3 を Homebrew でインストールし，それを踏み台に 3.5 をソースからビルドする．
• それでできあがった clang++ と llvm-config を使って llvmlite (0.4.0) をインストールする．
• それをもとに Numba (0.18.2) をインストールする．

LLVM 3.3

Homebrew で Clang とかライブラリとかを含め llvm 3.3 をインストールする (すでに入れているので reinstall)．

$ brew reinstall -v --rtti --with-clang --with-libcxx llvm33

Warning が出るが，気にしないことにする．

• llvm33.rb

LLVM 3.5.1

上でインストールをした LLVM 3.3 の Clang とライブラリを使って LLVM 3.5.1 をソースからインストールする．

Getting Started Quickly (A Summary) に書いてあるとおりに実行する．

まずソースをとってくる．

$ cd where-you-want-llvm-to-live
$ svn co http://llvm.org/svn/llvm-project/llvm/tags/RELEASE_351/final llvm-3.5.1
$ cd llvm-3.5.1/tools
$ svn co http://llvm.org/svn/llvm-project/cfe/tags/RELEASE_351/final clang
$ cd ../projects
$ svn co http://llvm.org/svn/llvm-project/compiler-rt/tags/RELEASE_351/final compiler-rt

いつでもやり直せるように新しいディレクトリを作ってそこで作業する．

$ cd ..
$ mkdir build
$ cd build

いろいろ試行錯誤した結果，次ので CMake が通った．

$ CC=clang-3.3 \
CXX="clang++-3.3 -std=c++11 -stdlib=libc++" \
CPPFLAGS="$CPPFLAGS -nostdinc++" \
CXXFLAGS="$CXXFLAGS -I/usr/local/opt/llvm33/lib/llvm-3.3/lib/c++/v1 \
-L/usr/local/opt/llvm33/lib/llvm-3.3/usr/lib -U__STRICT_ANSI__" \
LDFLAGS="$LDFLAGS -L/usr/local/opt/llvm33/lib/llvm-3.3/lib" \
DYLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/opt/llvm33/lib/llvm-3.3/usr/lib \
cmake -DLLVM_TARGETS_TO_BUILD=host -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -G "Unix Makefiles" ..

Make する．

$ make -j 8

Warning が出るが，make は通った．

しかし，テストしてみると：

$ make check-all -j 8

エラーが出る．どこかの部分でうまくいっていないようだ．

が，とりあえず先に進んでみる．

llvmlite 0.4.0

上でできあがったバイナリに path を通し，pip install する．

$ export PATH=where-you-want-llvm-to-live/llvm-3.5.1/build/bin:$PATH
$ pip install llvmlite

Successfully installed llvmlite と出た．テストも通る．

$ python -m llvmlite.tests

OK．

Numba 0.18.2

ここまで来ればあとは pip install するだけ．

$ pip install funcsigs
$ pip install numba -U

問題なく Successfully installed numba と出た．

今のところまったく問題なく使えている．